【システム：おドールでポン】 「おドール」とは、ゲーム内で集められるフィギュアのこと。ゲームを進めることで手に入る「タマゴ」を「おドールでポン」のお皿に乗せ、上空に打ち上げると「おドール」がランダムで誕生する。

【システム：おドールでポン】 「タマゴ」は、ニンテンドー3DSのゲームコインでも入手できる。お皿の上に乗せるタマゴの数が多いほど、持っていない「おドール」が誕生する確率が上がるため、タマゴは多くて困ることは無い。

【システム：ARおドール】 『新・パルテナ』専用のARカード「ARおドール」カード。ニンテンドー3DSのカメラを通して、カードを画面に写すと現実世界にキャラクターが出現。２枚のカードを向かい合わせればバトルを楽しむこともできる。

【システム：ARカード】 「海底神殿」など、ステージの名前が書かれたARカードは、カードバトル時に同時に読み込むことで背景として使うことができる特別なカード。各パックにはテーマとなった章のステージカードが含まれています。

【システム：お好みの操作】 オプションでは、お好みに合わせてボタンの割り振りを変更したり、カメラや照準の操作を調整できる。例えば、ABXYボタンでピットを移動し、スライドパッドで照準を操作、Rボタンで攻撃という配置なども可能。

【システム：追加オプション】 オプションでは、照準に敵が入ると自動的に撃ってくれる「オート発射」や、照準の向きが合っていれば、その上下にいる敵を自動で狙ってくれる「照準アシスト」（地上戦のみ）など、操作に関する細かい設定が可能。

【システム：宝物庫】 マス目に並んだピース1枚1枚に設定された条件をクリアすることで、ピースの絵柄が埋まっていく仕組み。通称「クリアチェッカー」。ご褒美として、ここでしか手に入らない神器や奇跡がもらえることも。

【システム：サウンドテスト】 ゲーム内で使われる音楽はここで自由に聴くことができる。楽曲は、ゲームを進めることで増えていくほか、宝物庫のご褒美としてもらうこともある。

【システム：ささげる】 神器を購入するにも、ホンキ度を変更するにも先立つものは"ハート"。貴方は、汗水流して集めたハートを、一切の見返りがないとわかっていて、女神に捧げることができますか？ささげたハートの量で女神への信仰心が試される……

【システム：すれちがい通信】 「すれちがい通信」では"神器のタネ"を交換。タネはハートを費やして、神器に戻すことができるが、そのまま戻すより、タネ融合をした方が少しリーズナブルに神器にできる。いらないタネはハートにすることも。