まぶしい陽射しと、心地よい波の音…。青い空にはカモメがのんびり舞っています。ここはドルピック島。キノコ王国から遠く離れた南の海に浮かぶ、美しいリゾートアイランドです。
マリオはピーチ姫やキノピオたちと、この島へバカンスにやって来ました。の〜んびり過ごすつもりのマリオたちでしたが、なんだか島の様子がおかしいような…？
なんと、美しい島のあちこちが、ラクガキやおかしな絵の具で汚されていたのです！
島の住人たちによると犯人の特徴は、丸い鼻、ヒゲ、そしてボウシ…。
えっ？それって、マリオ!?
マリオがラクガキで島を汚したせいで、ドルピック島を支える太陽の力「シャイン」がいなくなってしまった!
…と誤解する住人も出てくる始末。ぬれぎぬを着せられたマリオは、ドルピック島をキレイにする約束をしました。でも、どうやって…？
だいじょうぶ!
あの有名な博士が発明したポンプがあれば、おかしな絵の具を消すことはもちろん、島で起こるいろいろな事件を解決することだってできるのです!
島を汚した真犯人をつかまえて、ぬれぎぬを晴らすことができるのか？またまたマリオの大冒険がはじまります!