キノコワールドの平和を取り戻したマリオとルイージの2人は、ピーチ姫とゆっくりバカンスを楽しむために、はるか南の不思議な島国、「恐竜ランド」のヨースター島へと旅立ちました。
ところが島に着いて間もなく、ピーチ姫が突然姿を消してしまったのです。必死で島中を探しまわる2人は、やがて島のはずれで不思議な卵を発見します。じっと見つめる2人の目の前で、卵の中からでてきたのは奇妙な姿のドラゴンでした。
『ヨッシー』と名乗る、そのドラゴンはマリオ達に話しかけました。「最近この恐竜ランドに、カメの姿をした化け物が現れて、魔法でボクの仲間達を卵の中に閉じ込めてしまったんです。ボクは仲間を助けに行こうとしたんですがやつらはとても強くて、結局ボクまで魔法にかけられてしまいました……。お願いです、ボクといっしょに仲間を助けに行ってくれませんか？」
何ということでしょう。大魔王クッパは全然こりていないようです。きっとピーチ姫はクッパの手下にさらわれたのでしょう。
こうして2人は、ヨッシーの仲間とピーチ姫を助けるために、新たな冒険を始めることになったのです。