La batalla para evitar que el emperador Andross se hiciera con el sistema Lylat se zanjó con la victoria del ejército de Corneria, que contó con la inestimable ayuda de los mercenarios que forman el equipo de élite Star Fox. Los habitantes de Corneria despidieron entre vítores a Fox McCloud y su equipo, que partieron una vez más hacia las profundidades del espacio.
Pero...
Andross había sobrevivido y su insaciable sed de venganza le había llevado a planear una invasión aún más cruenta que la anterior. Los habitantes del sistema Lylat no eran conscientes, pero la paz de la que disfrutaban tenía los días contados. Así, un fatídico día, Andross atacó de nuevo.
Cogidos por sorpresa, los planetas del sistema Lylat fueron conquistados uno tras otro ante el implacable avance del ejército de Andross. Corneria, situado en el corazón de la galaxia, ¡también está a punto de caer en sus diabólicas manos!
«Las tropas de defensa apostadas en los planetas han caído. Con nuestras fuerzas mermadas, nos va a resultar muy difícil proteger Corneria...»
Ante tan delicada situación, el general Pepper recurrió a su última opción viable.
«¡Contactad de inmediato con el equipo Star Fox!»
La unidad de mercenarios Star Fox está de vuelta con mejores Arwing y dos nuevos miembros del ejército de Corneria. ¿Podrán derrotar a Andross... de una vez por todas?