ストーリー

かつて広大なライラット系を舞台にくり広げられた、ライラット征服をはかる悪の皇帝アンドルフ軍と、雇われ遊撃隊「スターフォックス」を擁したコーネリア防衛隊との戦闘は、遊撃隊の超人的な活躍もあり、防衛隊側の勝利で幕を閉じた。フォックスら4名は人々の歓喜の声に送られて、惑星コーネリアを後にしたのだった。

しかし…

アンドルフ皇帝は生きていた。復しゅうの炎を燃やし、先の戦闘以上に入念な侵略準備を進めていたのである。そしてついに、皇帝軍は再びライラット系に攻め入ってきた。

皇帝軍の奇襲は効を奏し、次々と陥落しアンドルフの手に落ちていくライラット系の各惑星。さらに占領地を足掛かりに、ライラットの中枢であるコーネリアにも魔の手が迫ってきた。

「各惑星に駐留していた防衛隊は壊滅状態。不意をつかれたとはいえ、今の戦力ではコーネリアひとつを守るのが精一杯か…」

防衛隊長ジェネラル・ペパーは、そうつぶやくと通信オペレーターに告げた。

「大至急、スターフォックスにつないでくれ！」

帰ってきた遊撃隊「スターフォックス」。格段にパワーアップした戦闘機アーウィンと、防衛隊からの新メンバーを得て、今度こそ悪の皇帝を倒すことができるであろうか。