ここは「時のオカリナ」の舞台だったハイラルと、似ているようでもまったく違う、一種のパラレルワールド。リンクが旅の途中で会う人々も、初対面でもどこかで会ったような感じがする不思議な世界。
時計がシンボルのクロックタウンを中心に様々な環境の土地が広がり、月が落ちてくるという噂の中、クロックタウンは年に一度のカーニバルを迎えようとしている……。