ジャブジャブ様も元に戻り、ハイラル城へ急ぐリンク。お城に入ろうとしたまさにその時、リンクが目にした光景。それはゲルドの盗賊王ガノンドロフから逃れるため、白馬に乗って走り去るゼルダ姫とインパの姿であった。リンクを見つけたゼルダ姫はとっさの機転で時のオカリナをリンクへと託した。リンクは時のオカリナを携え、時の神殿へ向かい時の扉を開いたその瞬間、またもガノンドロフが現れる。
一瞬の静寂。気が付いたリンクは７年の時を超え、立派な青年へと成長していた。そこでリンクが出会った２人の人物、六賢者の一人「ラウル」とシーカー族の生き残り「シーク」。彼らは、ガノンドロフによって闇に覆われたハイラルを救えるのは聖剣「マスターソード」を持つ「時の勇者リンク」と６人の賢者であることを告げる。リンクよ、森の神殿で目覚めの時を待っている賢者を呼び起こすのだ。