どんどんせりあがってくるパネルが、天井にふれるまで続けるモード。どんどん連鎖をして高得点をねらえ!!
エンドレス
制限時間は2分間。この限られた時間のなかで、あなたは何点取れるのか!!大連鎖で高得点をねらえ!!
スコアアタック
パネルを消していると現れるクリアラインより上のパネルをすべて消すとステージクリア。最後のステージで待ちかまえているクッパを倒せ!!
ステージクリア
決められた手数で画面中のすべてのパネルを消すとステージクリア。問題は全60問。しかもほとんどがスーパーファミコン版「パネルでポン」とは違う新問題。最後まで解くと………!!
パズル
クッパの悪い魔法にかけられた仲間たちを救え!! 次々に仲間たちと対戦し味方にしていくと、最後にクッパとその子分たちと決戦だ。平和な島を取りもどすために「がんばれ、ヨッシー!! 」
VS コンピューター