ボンバーマンは宇宙の平和を守るため、日夜ボンバーベースで特訓に励んでいた。 そんなある日、ピース山脈に墜落した宇宙船の調査命令が出される。 現場に駆けつけたボンバーマンを待ち受けていたものは…なんと1体のヘンテコなロボットだった。 ロボットの話によると、プライム星がワルドス帝国に攻撃され、その星のミリアン王女と共に宇宙船で脱出したが、ついにワルドス帝国に捕まり、王女は連れ去られてしまった。 ミリアン王女を救出に向かうボンバーマンだが、その前にはやくも謎の敵が立ちはだかるのだった…。