ストーリーモードには3つのストーリーがあります。各ストーリーでは、麻雀をしながら事件を解いていきます。

ストーリーモードを選択すると、「東京編」、「横浜編」、「大阪編」といった3つのストーリーと「前回のつづき」が表示されます。初めからプレイする場合は、いずれかのストーリーを選んでください。続きからプレイする場合は、「前回のつづき」を選び、対戦のあとに表示されたパスワードを入力します。

パスワードは、で牌を選び、またはで牌を変えて入力します。を押すと入力完了となり、続きからプレイできます。

ストーリーモードを始めると、各ストーリーごとのマップが表示されます。で行きたい場所を選び、で決定してください。移動先に敵がいた場合、麻雀で戦います。

ストーリーモードでは、対局中に和がるとパネルマッチ選択画面になります。パネルマッチをする場合はでスロットをスタートさせ、プレイするパネルマッチを決定してください。パネルマッチの結果によって「あいてむせれくと」で使うハートを獲得できます。パネルマッチをプレイしない場合は、を押すと麻雀に戻ります。 ストーリーモード／パネルマッチ

パネルマッチが終了すると「あいてむせれくと」画面になり、ハートをおたすけアイテムに交換できます。で買いたいアイテムを選び、で決定してください。交換したアイテムは「SOLD　OUT」と表示され、交換できなくなります。「あいてむせれくと」を終了する場合はを押してください。アイテムは使える状況になると自動的に使用され、使用されなくても1対局が終了するとなくなります。

持ち点がマイナスになるか、半荘終了時に相手より持ち点が低いとゲームオーバーになります。ゲームを続ける場合は「つづける」を選び、ゲームを終わる場合は「やめる」を選んでください。「やめる」を選ぶとタイトル画面に戻ります。