北欧の山間にひっそりとたたずむ屋敷があった。 主人の名はバロウズ。屋敷には高くそびえる時計塔があり、 土地の人々はその鐘の音を合図に放牧を行ったものである。 いつしか土地の人々はこう呼び習わしていた。 CLOCK TOWER───────時計塔屋敷と……。 しかし、ある日時計塔の鐘の音は途絶えてしまう。 まるで時を無くしてしまったかのように……。 1995年─────── とある孤児院に、ひときわ目立つ美少女を見いだすことができる。 名はジェニファー……。 5才のときに父親は突然失踪、その後母親とも死に別れ、 孤児院に引き取られていた少女である。 ある日、彼女と友人たち3人の養育先が見つかったという知らせが入った。 彼女は引率してくれる教師メアリーと3人の友人たちとともに、その養育先へ向かう。 そこがCLOCK TOWERと呼ばれる屋敷とも知らずに……。