Wii本体の電源を入れたら、Wiiメニュー画面で『ドンキーコングJR.』の チャンネルを選んでゲームを始めましょう。

でプレイ人数と難易度を選び、でゲームスタートです。 ※難易度にはAとBがあり、Bの方が難しくなっています。

『ドンキーコングJR.』は4つの面（ステージ）で構成されています。1～4面をクリアしたあとは、続けて1面からやり直してください。4面までをクリアするごとに、敵の数が増えたりスピードが速くなったりして難しくなります。 なお、1～3面と4面では画面の見かたが少し異なります。また、2人で遊ぶときは交互にプレイしてください。

オリの中に閉じこめられたドンキーコングを、息子のジュニアを操作して助けましょう。 ジュニアはで移動や、つる・鎖の上り下りができ、でジャンプします。ポーズするときはを押してください。

敵に当たったり、つるや鎖から落ちたり、ボーナスがなくなるとミスになり、「ジュニアの残り数」が1つ減ります。 ジュニアの残り数が0のときにミスすると、ゲームオーバーです。

フルーツを取ったり敵を跳び越えたりするとスコアが増え、20000点になるとジュニアの残り数が1つ増えます。