長い旅から久しぶりに我が家に帰ったゴエモン。 旅の報告をしようと、神棚を見上げてびっくり。な〜〜〜〜〜〜〜〜〜い！ 先祖代々伝わる家宝の大事な“黄金のキセル”が………　ない、ない、どこを捜してもない！ さー大変だ！　御先祖様に顔向けができない。 天下の大泥棒の家に泥棒が入っちゃシャレにもならねえ。ゴエモン大慌てで“黄金のキセル”捜しの旅支度。 そんなところに、 「お困りのようですな。わてエビス丸といいまんねん。わて、困ってる人を見てると手伝いたくなる性分でんねん。どうでっか、わても一緒に捜しに行かさしてもらえまへんか。」と、とても忍者とは思えない正義の忍者エビス丸が現われた。まあ、足手まといにならないならという条件付きで、ゴエモンはエビス丸と一緒に旅にでることになった。はたして“黄金のキセル”はどこに。ゴエモンの新たなる旅が始まった。 しかし…ゴエモン一行を見つめる影が一つ…二つ…三つ…。 そして想像もつかないような大きなワナがゴエモンたちを待っている。 なにがあってもへこたれるな。 それ行けゴエモン！がんばれゴエモン！ （エビス丸も忘れないでねっ！）

プレイヤーが操作するキャラクターです。