Wii本体の電源を入れたら、Wiiメニュー画面で『激亀忍者伝』のチャンネルを選びましょう。タイトル画面が表示されます。

タイトル画面でを押すとゲームが始まります。

それぞれ個性の異なる亀忍者から操作したいものを選び、敵を倒したり、さらわれた仲間を助けたりしながら各エリアを進んでいってください。なお、エリアによっては、画面内の敵をすべて倒さないと先に進めないこともあります。 ライフがなくなったり、敵のローラー車にひかれるなどすると、操作中の亀忍者が敵にとらわれてアウトになります。全部の亀忍者がアウトになるとゲームオーバーです。また、制限時間のあるエリアでは、残り時間がなくなってもゲームオーバーになります。

操作する亀忍者は、インフォメーション画面で選ぶことができます。ゲーム中にを押してインフォメーション画面を表示してください。で選んでを押すと、選んだ亀忍者でゲームが再開されます。 亀忍者がアウトになったときもインフォメーション画面が表示されます。残った亀忍者から選び、ゲームを続けてください。

敵にとらえられた亀忍者は復活させるチャンスがあります。地下道やビル内にいる亀忍者を捜し出し、タッチして救い出してください。