限りなく深い闇……。暗黒銀河。 その未知なる領域に再び黒い生命が誕生した。破壊神バクテリアンである。 バクテリアンは、想像を絶するパワーで全宇宙を包み込み殺戮を始めた。 侵略の魔の手は周辺の惑星を次々と飲み込み、 母なる星、「グラディウス」にも刻々とその危機が迫る。 グラディウス連邦政府の敷く一大包囲網は、 かつてないほど強大なダーク・フォースを前に、もろくも崩れ去ろうとしていた。 いま、全宇宙の命運を賭け、 超時空戦闘機ビックバイパーは果てしない闇の彼方へ再び、飛び立つ……。