Wii本体の電源を入れたら、Wiiメニュー画面で『忍者じゃじゃ丸くん』の チャンネルを選んでゲームを始めましょう。

でプレイ人数を選び、でゲームスタートです。

基本的な画面の見かたを説明します。2人で遊ぶときは交互にプレイしてください。

妖怪たちを手裏剣などで倒して、なまず太夫にとらわれたさくら姫を助け出しましょう。ステージに現れるすべての敵を倒すとステージクリアです。 『忍者じゃじゃ丸くん』は21のステージに分かれ、1〜3は「おゆき」、4〜6は「クロベエ」、7〜9は「カラカッサ」、10〜12は「ヘドボン」、13〜15は「ピン坊」、16〜18は「カクタン」といった妖怪たちが中心に登場し、19〜21はそのすべての妖怪たちが襲ってきます。ステージ21をクリアしたら、続けてもう一度ステージ1から挑戦してください。

敵の攻撃に当たったり爆弾を取るとミスになり、「プレイヤーの残り数」が1つ減ります。プレイヤ ーの残り数が0のときにミスすると、ゲームオーバーです。なお、敵に体当たりされると気絶して 一瞬動けなくなりますが、敵に触れるだけではミスにはなりません。

敵を気絶させたり倒したり、コバンを取ったりするとスコアがたまり、20000点や50000点になるとプレイヤーの残り数が1つ増えます。

動かずに同じ場所に立ち続けていたり、制限時間が0になると炎が追ってきます。炎は天井なども越えてじゃじゃ丸くんを追いかけてきて、一度現れるとステージをクリアするかミスするまで消えません。さわるだけでミスになり、手裏剣などで倒すこともできないので注意しましょう。

制限時間が残りわずかになると、なまず太夫が上から爆弾を投げてきます。当たるとミスになるので、うまくよけてください。