Wii本体の電源を入れたら、Wiiメニュー画面で『探偵神宮寺三郎 横浜港連続殺人事件』のチャンネルを選んでゲームを始めましょう。

ストーリーの最初から始めるときは「START」をで選び、で決定してください。 続きから始めるときは「CONTINUE」を選び、パスワードを入力しましょう。

コマンド「そうさやめる」でもらったパスワードを正しく入力すると、パスワードをもらったときと同じ状況から捜査を再開できます。 で文字を選び、で1文字ずつ入力しましょう。間違えて入力した場合は、を押しながらで入力済みの文字を選び、入力し直してください。パスワードを正しく入力し、最後に「END」を選ぶと捜査再開です。