コスモ歴2000年代、銀河系では、 多くの惑星の代表者からなる議会をもとに「銀河連邦」が設立され、繁栄の時代を迎えていた。 文明や文化の交流が盛んに行われ、多くの星間連絡船も行き来していたが、 一方でその船を襲う宇宙海賊も現れた。 連邦局は銀河連邦警察を組織したが、海賊の攻撃は強力で、 広大な宇宙の中で捕らえることは困難であった。 そこで連邦局では、連邦警察とは別に勇猛果敢な戦士たちを集め、海賊たちと戦わせた。 彼らは宇宙戦士（スペース・ハンター）と呼ばれ、海賊を捕らえ賞金を受け取る、宇宙の賞金稼ぎであった。 コスモ歴20X5年、重大な事件が起きた。 外宇宙調査船が宇宙海賊に襲われ、 「惑星SR388」で発見された未知の生命体のカプセルを奪われてしまったのである。 生命体は一種の浮遊生命体で、β線を24時間照射すれば活動を再開し増殖する。 しかもSR388星の文明は、何者かによって破壊された疑いがあり、 発見された生命体に原因がある可能性が強かった。 不用意に増殖させると非常に危険なのだ。 この生命体を「メトロイド」と名付け地球へ持ち帰ろうとしたところを、宇宙海賊に奪われてしまったのだ！ 「メトロイド」が海賊の手によって増殖され、武器として使われるようになれば銀河文明が破滅してしまう。 連邦警察は必死の捜索の末、海賊の本拠地「要塞惑星ゼーベス」を発見し総攻撃を行ったが、 海賊の抵抗は強く、攻め落とすことはできなかった。 要塞の中心部ではメトロイドを増殖させる準備が着々と進められているらしい。 連邦警察は最後の手段として宇宙戦士をゼーベスの内部に侵入させ、 要塞の中心であるマザーブレインを破壊する作戦の実行を決定。 選ばれた宇宙戦士が「サムス・アラン」である。 彼はもっとも優秀な宇宙戦士であり、絶対不可能といわれた数多くの事件を解決してきた。 全身にサイボーグ強化手術を受け超能力も身につけた人物で、 敵のパワーを吸収する彼のスペース・スーツは海賊たちにも恐れられていた。 しかし彼の真の正体は、まったく謎に包まれていた。 惑星ゼーベスは自然の要塞で、外側は特殊な岩におおわれ、内部が複雑な迷路になっている。 しかも、海賊の手によってさまざまな仕掛けやワナが張りめぐらされており、 いたるところに不気味な海賊の手下が待ち受けている。 サムスはゼーベスの侵入に成功。残された時間は少ない。 サムスはメトロイドを倒し、銀河文明を救えるだろうか？