西暦2062年。 長きにわたる大規模な戦争が終結して8年が経過し、地球圏の人々は、ようやく平和を日常のものとして感じられるようになっていた。 日向 忠は、ガールフレンドのエリナ・ファーファとともに、さまざまな機械のオペレートを引き受ける仕事をしている。 ある日、作業所の隣にある「GEN'S AUTO」の店主、ゲン・ランクルの薦めで購入した作業用メタルギアームに試乗すると、突然作業機械はその姿を変えた。それは巧妙に偽装された軍事用のメタルスレイダー「グローリー」だったのだ。そして、その記憶回路には謎のメッセージが残されていた。 「創造主を探せ……地球は危機に瀕している……」 メッセージの意味を解明するため、忠と妹のあずさ、エリナの3人は、コックピットに残されたディスクを手がかりに宇宙へ旅立つ。 やがて、彼らは封印されていた真相と、宇宙をめぐる恐るべき陰謀を知ることになるのだった……。