未知の惑星における、巨大ロボット「γ（ガンマ）」との戦いをロックマンが終えてから1年後……。 突如、ライト博士の研究所のモニターが自動的に作動し始め、今までに見たことのない人物が映し出された。 彼の名はDr.コサック。Dr.ワイリーと同じく、世界征服を企む野望多き科学者である。 ロックマンとライト博士に向かい、彼は自分が征服した8つの都市を次々とモニターに映し出す。 こうして巨大な力を見せつけたコサックは、こう言い放った。 「我にしたがうのもよし、歯向かい戦いを挑むのもよし。よく考え、答えを出すがよいぞ!!」 ライト博士は密かに開発していた「ニューロックバスター」をロックマンに装着させると、8つの都市の平和をとりもどすため、再び戦場に向かわせる。コサックの出現によって、ロックマンの新たな戦いが始まったのであった。