時はAD20XX年。 ワイリーとの戦いに明け暮れるロックマンも、前回の戦いから2カ月経ち、しばしの休息をとっていた。 「博士、ブルースはいったい何者なのですか？」 ロックマンはライト博士に疑問に思っていた事を聞いてみた。 「うむ…。」しかし、ライト博士から明確な答えはなかった。 そこへDr.コサックから、ロックマンの新しいサポートロボット"ビート"が完成したとの連絡が入った。 さっそくロックマンはDr.コサックの研究所へ出かけた。 ロックマンがDr.コサックのリビングでカリンカと話をしていると、突然ライト博士からのTV電話がかかってきた。 「はっきり確認は出来んが、ブルースが謎のロボット軍を率いて都市を攻撃しているらしいんじゃ！！」 「そんな！？」急いで引き返して来たロックマンの見たものは、ライト博士をさらっていくブルースの姿だった。 ブルースがなぜ！？　しかし今は追いかけるしかない。 謎のロボット軍団を率いるブルースVSロックマンの戦いの火ぶたは今、切って落とされた！！