西暦21XX年。 進化したロボットと人間が共存する世界…… 完全に人間と同じ思考を持つロボット“レプリロイド”の登場により、人間の生活は格段に豊かになった様に見えた、が…… 突如「レプリロイドのための世界創造」をかかげ、人間に反旗をひるがえしたレプリロイドがいた。 その名は『シグマ』 レプリロイドの精鋭集団“イレギュラーハンター”＝故障したロボットを処理する者達＝の中でも最強といわれた彼に、ほぼすべてのレプリロイドが従い、人類にかつてない危機が訪れたのであった。

しかし、シグマの計画に唯一の誤算が生じた。 “エックス”の存在である。 まだ発展途上中であったエックスは、親友である“ZERO（ゼロ）”と共に立ち上がり、戦いの最中で未知の能力を発揮して、各地に配置された強敵を次々と撃破して行った。そしてついにシグマの居城に侵入し、激戦の末に彼の野望をその要塞と共に粉砕したのだ！　そう、エックスは、最強と言われたシグマに勝利したのである。 しかし、戦いによって失った物も多かった。ZEROが大破し、イレギュラーハンターの数も当初の4分の1まで激減した。 それでも、エックスには悲嘆する間も、休む間もなかった。再び訪れた平和な世界を守るため、彼の戦いはその後も続いていた…… そして……

シグマとの戦いから半年…… シグマの破壊と共に、一旦は減少したかに見えたレプリロイドのイレギュラー化だったが、最近では増加の一途を辿り、各地では反乱を起こしたレプリロイド達によって、いくつかのハンター組織が襲撃を受け、壊滅していた。 それどころか、捕獲されたレプリロイドを分析した結果イレギュラー化するための特殊なチップを、あらかじめ体内に埋め込まれた、いわゆる『作られたイレギュラー』が発見されたのだ。そしてそのチップにはΣ（シグマ）のマークが刻まれていた。 イレギュラーハンターチームのリーダーは、このイレギュラー達の製造元を探るべく全国のイレギュラーハンターに調査を命じた。 ほどなくして地図に載っていない工場発見との連絡が入る。そしてその工場の搬入搬出ルートを調査した結果、イレギュラーはそこで製造されている事が明らかになった。

この事件にシグマの残党が絡んでいると確信したエックスは、基地を破壊するため第17部隊を率いて出動した。 エックスは激闘の末、イレギュラー工場を破壊した。一方で、その一部始終を見ていた者達がいた。彼らこそイレギュラー反乱の裏で暗躍する、“カウンターハンター”と名のる3人組である。“カウンターハンター”とは、イレギュラーハンターを始末する者という意味で、事実彼らはこの半月あまりに、100を超える有能なイレギュラーハンターを誰にも知られずに消し去っていた。 シグマの反乱を打ち破ったエックスは、彼らにとって実に邪魔な存在だった。しかしある計画を実行中の彼らが、エックス一人を構っている時間はなかった。そこでカウンターハンター達は、エックスを葬り、且つ計画を推し進める事ができる策として、彼らの切り札である8体の特A級レプリロイドを各地に送り込み大規模な反乱を起こさせる作戦を実行に移した。反乱を起こせば、エックスが戦いを挑んでくる事は必至であり、全世界がパニック状態に陥るという計画の一つも実現する。そして反乱がうまくいかなくても、計画を進める上での時間稼ぎになる…… かくして、彼らの部下である8体のレプリロイドが各地に送られ、いよいよイレギュラーの反乱は全世界的な反乱へと展開していった。イレギュラーハンターとしてこの世の平和を守るために、エックスは再び、戦いの渦中へと巻き込まれて行くのだった……