西暦2634年12月、謎のエイリアン軍団との戦いから1年、地球は魔の手から逃れたかに思われていた。 そんなある日のこと、南米の基地跡近くで、GX軍第7方面の軍事演習に参加していた連邦軍のハル将軍から不可解な無線が入る。 「我が友軍であるGX軍が突如我々に攻撃を……彼らの目は人間では……ひょっとして奴らが……」 将軍の言葉にただならぬものを感じとった連邦軍上層部は、ふたたびビルとランス、史上最強の“魂斗羅”たちに出撃を命じる。 2人を乗せて極秘のうちに飛び立ったヘリコプターは、基地跡近くの演習地点に近いところで2人を降ろすと、すぐさま飛び立っていった。 そして、そこには無残にも破壊された連邦軍施設があった。 と、そのとき、物陰から軍の兵士が襲いかかってきた。 「狂気に満ちた目、青く変色した皮膚、姿こそ人間だが、その魂はもはや人間ではあるまい……」 ビルは発砲した。 その瞬間、2人は体内で爆裂したおぞましき生物の影を見た。 「こ、これは……」 彼らの脳裏に、1年前の悪夢がよみがえる。 「あの狂気に満ちた異形の生命体は死滅していなかったのか！？」 2人は顔を見合わせるなり、走り始めていた。 死滅したかに思われていたエイリアンは、その後変態を繰り返し、今まさに最後の変貌を遂げようとしていたのだ。 極限にまで成長したエイリアンと、魂斗羅たちの壮烈な戦いの火ぶたが切って落とされた！