光り輝く恒星「ライラット」を 中心とする惑星集団ライラット系…… その第4惑星「コーネリア」の研究所で、 辺境の惑星「ベノム」からの 不穏なメッセージが確認された。 軍の最高責任者ペパー将軍は やとわれ遊撃隊 「スターフォックス」に調査を依頼する。 リーダーであるジェームズ・マクラウドと ピグマ・デンガー、ペッピー・ヘアの 3人組である。 しかしすべては、 かつてコーネリアを壊滅の危機に追いやった 天才科学者、アンドルフの仕組んだ罠だった。 第一級犯罪者として ベノムに追放されていたアンドルフは 巨大な軍事基地を作り、 ライラット系の惑星を手中に入れる計画を 進めていたのだ。 仲間であるピグマの裏切りにより ジェームズは命を落とし、 ペッピーは、命からがらベノムから脱出する。 それから数年、 さらに大規模になったアンドルフの軍勢は、ライラット系の惑星を次々に侵略し その魔の手はついにコーネリアにも及ぼうとしていた。 ペパー将軍は苦渋の選択の末、1人の青年に連絡を入れる。 彼の名はフォックス・マクラウド、亡きジェームズの息子であり、 新生「スターフォックス」の若きチームリーダーである。