マリオとルイージの活躍で平和になったキノコ王国でしたが、このキノコ王国はキノコワールドのほんの入り口。その奥にはたくさんの不思議な国があるのです。 さんざんこらしめたはずの大魔王クッパも、マリオのいるキノコ王国からは手を引いたものの、今度はコクッパ7兄弟を仲間に入れ、ワールドのあちこちでイタズラのやり放題。 ついには各国に古くから伝わる魔法の杖を盗み出し、王様たちを動物の姿に変えてしまいました。 マリオとルイージはコクッパから杖を奪い返し、王様を元の姿に戻してあげなくてはなりません。 「行ってらっしゃい。気をつけてネ」 ピーチ姫とキノピオに見送られて、2人は不思議いっぱいのキノコワールドの奥へ奥へと進んでゆくのでした。