コスモ歴2000年代、惑星間交流が盛んに行われ、銀河はかつてない繁栄の時代を迎えていた。 今や銀河の平和は、各惑星の代表者によって設立された「銀河連邦」によって守られている。 しかし、銀河にはまだ多くの未知の惑星が残されており、さまざまな事件も起きていた。 そのひとつに宇宙戦士サムス・アランの活躍により解決された重大な事件があった。 謎の生命体「メトロイド」をめぐる、宇宙海賊との戦いである。

銀河連邦の調査船は惑星SR388で未知の生物を発見した。「メトロイド」と命名されたその浮遊生命体は、β線を照射するだけで増殖し、他の生物にとり付いてエネルギーを吸いつくす恐るべき能力を持つ。「メトロイド」は急きょ銀河連邦本部に持ち帰られることとなったが、その途上、調査船が宇宙海賊の奇襲に遭い全滅。「メトロイド」は海賊の手によって機械生命体マザーブレインの統括する要塞惑星ゼーベスに持ち去られてしまったのである。 銀河連邦は腕ききの賞金稼ぎ（バウンティ・ハンター）サムス・アランに海賊とメトロイドの殲滅を依頼した。惑星ゼーベスに単身乗り込んだサムスは、苦闘の末メトロイドを殲滅、マザーブレインをも破壊し宇宙海賊の野望を打ち砕いた。 その後、銀河連邦首脳部は、SR388に数多く棲息すると思われるメトロイドを絶滅させるべく特殊部隊を派遣したが、全部隊が消息を絶つという事態に陥ってしまった。もはやこの事態を解決できる者はサムス以外にはありえない！ 銀河連邦最高会議はSR388にサムス・アランを派遣、メトロイドを殲滅することを決定したのである。 SR388に棲息するメトロイドは脱皮、変身を繰り返しサムスを苦しめたが、サムスはついにその最深部に巣くうクイーンメトロイドを倒し、任務を完了した。 そのとき、ただひとつ残った卵がサムスの目の前で孵化し、メトロイドの幼生が誕生した。ベビーメトロイドは初めて見たサムスを母親と思い込み、まとわりついてくる。サムスはこの無邪気なベビーメトロイドとともにスターシップに乗り込みSR388を後にした。だが、この1匹のベビーメトロイドがさらなる事件を引き起こそうとは、誰一人予想だにしなかったのだ……。

サムスが持ち帰ったベビーメトロイドは、スペースコロニー内の宇宙科学アカデミーに持ち込まれ、その特殊な生態構造を研究されることとなった。メトロイドが持つ優れたエネルギー特性は、人類にとって非常に有効であるというのが科学アカデミーの結論である。さらにそのリポートの末尾には、メトロイドが本来、平和的活用を目的として人工的に創り出された生命体である可能性も示唆されていた。銀河には平和と秩序がもどってきたと思われた。気ままなハンター稼業にもどったサムスのスターシップに緊急指令が届くまでは……。 アカデミーに到着したサムスが見たものは、何者かに襲われ壊滅した研究施設とその研究所員たちであった。そして、そこにはベビーメトロイドの姿はなかった。しかしサムスは廃墟の闇に凶悪な気配を感じていた。 闇から現れたのはサムスが壊滅させたはずの宇宙海賊の一味であった。メトロイドを奪った海賊たちは、再建された要塞惑星ゼーベスに逃げ込んだ。サムスは危険の待つ惑星ゼーベスへ向かうことを決意する。またしてもメトロイドをめぐって、サムスと宇宙海賊の死闘が始まるのだ！