2人で対戦が楽しめるモードです。自分のフィールドのクッキーを消してポイントをかせいだり、相手を攻撃して勝利してください。

左側が1Pのフィールド、右側が2Pのフィールドになります。 1人プレイと同じ方法で、クッキーを消していきましょう。クッキーを1列消すとポイントゲージが増え、先にポイントゲージをいっぱいにすると勝ちです。また、時間とともにタイムゲージが増え、ゲージがたまる前にクッキーを1列消さないと、時間切れで負けになります。 1勝するごとにヨッシーマークが1つ増え、先にマークを3つ手に入れたプレイヤーが勝利者となります。

クッキーを1列消すごとにヨッシークッキーが1つ現れます。ヨッシークッキーを1列並べて消すと、そのとき画面に表示されている攻撃を行うことができます。なお、攻撃の相手は「攻撃方法」に表示されているプレイヤーとなります（VSモードのヨッシークッキーは、ほかのクッキーの代わりに使うことができません）。