『大航海時代ll』は、16世紀初頭のヨーロッパにおける大航海時代をテーマとしたシミュレーションゲームです。プレイヤーは異なる境遇と目的を持つ6人のなかから主人公を選び、世界の海と港を舞台に冒険を繰り広げます。

6人の主人公にはそれぞれ物語があり、冒険の目的が異なります。また、目的にいたるまでの手段は、どの主人公でも自由です。例えば、資金を集めるために交易をするか、海賊行為を働くかはプレイヤー自身が自由に決めることができます。

資金集めの手段の1つが交易です。ある港で安く買った商品を別の港へ輸送して高く売り、その都市で別の商品を仕入れて、さらに別の港で高く売る……。これを繰り返し、資金を集めていきましょう。変動する相場を読んだり、商品購入の際に値引き交渉をするといった、かけひきを楽しむこともできます。

洋上を航海するだけでなく、海賊と海戦をしたり、ほかの艦隊を襲撃することもできます。 砲撃による遠距離攻撃や、敵の提督との一騎討ちなど、迫力の艦隊戦が繰り広げられます。

ゲームを進めると、主人公の名声が上がっていきます。名声には「冒険名声」「海賊名声」「交易名声」の3種類があり、それぞれ特定の名声が一定値以上になると、さまざまなイベントが発生します。