エリアによっては、城ステージをクリアしたあとに高速ステージ→3Dボス対戦ステージに進むことがあります。

大型からくりメカ「ゴエモン・いんぱくと」に乗って進んでいく、横スクロールのステージです。ステージが始まると「ゴエモン・いんぱくと」のエネルギーが徐々に減っていき、穴に落ちたり障害物にはさまれてしまうと大きく減ります。建物や障害物などを壊してエネルギーを回復しましょう。ステージの最後まで進むとクリアになり、3Dボス対戦ステージに移ります。 なお、途中でエネルギーがなくなってしまうとミスになり、エリアマップ画面に戻ります。

基本的な操作方法は道中ステージと同じです。2人プレイの場合は、2Pがで照準カーソルを操作でき、（）で小判攻撃ができます。

敵の大型からくりメカと対決するステージです。さまざまな攻撃を使い分けてボスを攻撃し、ボスのエネルギーを0にしてください。高速ステージと同じように「ゴエモン・いんぱくと」のエネルギーは時間とともに減っていき、ボスの攻撃を受けると大きく減ります。エネルギーが0になるとミスになり、エリアマップ画面に戻ってしまうので注意しましょう。

ボスとの距離に応じて攻撃方法を変えてください。ボスの攻撃はガードしたり、こちらの攻撃を当てて防ぎましょう。なお、2人プレイ中は各プレイヤーの照準カーソルが表示され、攻撃やガードを分担して操作できます。ただし、同じタイミングで同じ操作を行った場合は、何も起こりません（小判攻撃のみ同時に行えます）。