最新鋭戦闘機「フリントロック」を操作して進み、最後に出てくるボスを倒すとクリアです。自機についているフリント（触手の生えた謎の生命体）を脱着したり、敵を倒すと出現するパワーアップアイテムを利用して進んでいきましょう。敵や敵の攻撃、障害物に当たるとミスになります。

制限時間内にできるだけ多くの汚れをふき取るミニゲームです。ゴエモンたちを操作して汚れのある場所を通るとふき取ることができ、パネルのある場所を通るとスピードが上がったり、制限時間が増えます。穴や廊下の端から落ちるとタイムロスになるので注意しましょう。ふき取った汚れの数が得点になります。

裏向きに置いてあるパネルを2枚めくり、表に描かれた絵を合わせるミニゲームです。お互いに競い合ってすばやくめくってください。パネルは同時に2枚までめくることができ、めくったパネルの絵が同じ場合は得点が入ります。すべてのパネルの絵がそろった場合や、制限時間になるとゲームが終了し、得点に応じて小判が手に入ります。

鬼を操作して相手の鬼と弾をぶつけ合うミニゲームです。相手に弾を当てると得点を獲得でき、制限時間終了時の得点に応じて小判がもらえます。なお、残り10秒間は獲得できる得点が2倍になります。