Wii本体の電源を入れたら、Wiiメニュー画面で『もえろツインビー シナモン博士を救え！』のチャンネルを選んでください。タイトル画面が表示されます。

でプレイ人数を、左右で難易度を選び、最後にで決定するとゲームが始まります。

1人でプレイするときは「1 PLAYER」を、2人でプレイするときは「2 PLAYERS」を、3人でプレイするときは「3 PLAYERS」を選んでください。

難易度には「NORMAL（ふつう）」と「EASY（やさしい）」の2種類があります。「NORMAL」はプレイヤーの残り数が3つでスタートし、ゲームの難しさは普通です。「EASY」はプレイヤーの残り数が5つでスタートし、ゲームは「NORMAL」より簡単になっています。

ツインビーたちを操作して、空中の敵をショットで、地上の敵や要塞をボムで倒しながら進みます。敵に当たるとミスになり、プレイヤーの残り数が1つ減ります。敵の弾に当たると、横スクロールのステージではミスになり、縦スクロールのステージではアームが壊れます（アームがない状態で敵の弾に当たるとミスになります）。プレイヤーの残り数が0になるとゲームオーバーになり、「ゲームオーバー画面」に移ります。 なお、プレイヤーの残り数は、ステージ開始時の画面で確認できます。

コンティニューして再挑戦する場合は「YES」を、ゲームを終了してタイトル画面に戻る場合は「NO」を左右で選び、で決定してください。コンティニューすると、ゲームオーバーになったステージの最初から再開します。

ステージによって、画面が横スクロールのときと、縦スクロールのときがあります。なお、プレイ人数にかかわらず、1Pのでポーズ（一時停止）ができます。ゲームを再開するときは、でポーズを解除します。

横スクロールのときの画面の見かたです。下の画面は1人プレイ時のものです。

縦スクロールのときの画面の見かたです。下の画面は3人プレイ時のものです。