ゾイド星歴2056年、共和国軍と暗黒軍の戦いは、 その戦場を暗黒大陸に移し、最終決戦のときを迎えようとしていた。 共和国軍は新型ゾイドによる大部隊を編成し、総力をあげての大反撃を開始した。 次々と襲い来る暗黒軍ゾイドの奇襲攻撃により、 多くの損害を出しながらも進撃は休むことなく続けられる。 オルディオス、バトルクーガーら新鋭飛行ゾイドの支援を受けた共和国軍は、 暗黒軍の首都にたどり着いた。 この大反撃作戦に対し、暗黒軍は新型ゾイドであるガンキャラドを戦線に出撃させ、 オルディオスとの激しい空中戦を展開する。 一進一退の攻防を繰り返すなか、 共和国軍のヘリック大統領は、一歩も退かぬ覚悟でこの総力戦にあたっていた。 しかし、ギルベイダーの参戦により、戦況は徐々に暗黒軍にとって有利な方向へと傾いていく。 そんなとき、山を砕き大地を揺るがす超巨大ゾイドが出現。 一瞬にして数十体の暗黒軍ゾイドを撃破した。 これこそヘリックが待ち望んでいた最終決戦用の切り札、キングゴジュラスである。 その空前絶後の超破壊力の前に、暗黒軍は次第に劣勢に追い込まれていった。 だが、両国の存亡をかけた大決戦に決着がつこうとしていたそのころ、 ゾイド星の運命を左右する大異変が起きようとしていた。 はるか宇宙の彼方から、 ゾイド星を含むゾイド太陽系に向けて、1つの巨大な彗星が大接近してきたのである。 彗星はゾイド星にある、3つの月のうちの1つに直撃した。 すさまじい衝撃とともに月は崩壊し、砕け散った破片がゾイド星を襲った。 破片は隕石と化して、猛烈な速度でゾイド星の中央大陸の反対側に落下。 月の1つを失ったゾイド星は、引力のバランスを崩して地軸がずれ、 落下した隕石は大爆発を起こして数十キロもの大クレーターを作った。 その際の衝撃で地殻変動や大津波が起こり、 中央大陸は3つの大陸に引き裂かれ、暗黒大陸の一部は海の中に沈んでいった。 共和国軍と暗黒軍による戦いの結末とともに……。