敵のゾイドがいるマスに自軍のゾイドが移動すると、バトル画面に切り替わってバトルが始まります。
バトルでは、自軍のゾイドを操作して敵のゾイドと1対1で戦います。敵のゾイドを攻撃してHPをなくせば勝利です。どちらかのゾイドが倒されるか、制限時間が0になると、バトル終了となってマップ画面に戻ります。
なお、倒した敵のゾイドが旗艦機だった場合、マップクリアになります。
※
でポーズ(一時停止)できます。2 PLAYERSの場合は、1Pのみポーズすることができます。
以下のアクションでゾイドを操作してください。
を押した方向に移動でき、
を同じ方向に2回押すと、その方向にダッシュできます。なお、移動中に敵のゾイドに接触した場合は、お互いがダメージを受けるので注意してください。
を押すと、ミサイルを発射して攻撃できます。また、マークII化しているゾイドの場合、
でパワーアップ武器を使った攻撃もできます。